W roku 2011 Jego Eminencja Kazimierz Kardynał Nycz poprosił ks. prof. dr hab. Piotra Tomasika o powołanie zespołów autorskich do wydania nowych podręczników do nauczania religii dla obu warszawskich diecezji, zgodnych z podstawą programową z roku 2010. W celu obsługi procesu wydawniczego utworzono spółkę Wydawnictwo Katechetyczne. Jest to pierwsza w historii Kościoła  w Polsce spółka prawa handlowego utworzona przez dwie diecezje Kościoła katolickiego.   

Pierwsze podręczniki ukazały się w roku szkolnym 2012/2013. Autorami podręczników są katecheci związani ze środowiskiem Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie.  Za zespół Autorów tekstów odpowiedzialny był ks. prof. dr hab. Piotr Tomasik.

W ciągu trzech lat, od chwili powołania Wydawnictwa, wprowadziliśmy na rynek pakiety edukacyjne do wszystkich poziomów nauczania. Pakiety te zawierały podręcznik ucznia, poradnik metodyczny, karty pracy, domownik dla rodziców i płyty CD z piosenkami.

W kolejnych latach oferta Wydawnictwa była wzbogacana o stronę internetową, interaktywny portal katechetyczny, podręczniki multimedialne tzw. multibooki oraz sklep internetowy.

W roku 2016 decyzją Ordynariusza Arcybiskupa Józefa Górzyńskiego do Wydawnictwa przyłączyła się Archidiecezja Warmińska. Na rok szkolny 2016/2017 oferta wydawnicza została powiększona
o Edycję Warmińską podręczników do wszystkich poziomów nauczania religii.

Kolejną inicjatywą wydawniczą były podręczniki do nauki religii w przedszkolu dla pięciolatków i sześciolatków wydane w 2017 roku. Podręczniki wyróżniają się oryginalną szatą graficzną, ciekawymi ilustracjami i fotografiami. Podręczniki te zostały bardzo dobrze przyjęte przez katechetów.

W czerwcu 2018 roku Konferencja Episkopatu Polski zatwierdziła nową podstawę programową katechezy Kościoła katolickiego w Polsce. 19 września 2018 roku Komisja Wychowania Katolickiego KEP przyjęła „Program nauczania religii rzymskokatolickiej w przedszkolach i szkołach”.

W styczniu 2019 Ordynariusze trzech Diecezji, będący udziałowcami Wydawnictwa, podjęli decyzję o powierzeniu Wydawnictwu Katechetycznemu przygotowanie, redakcję i wydanie podręczników opracowanych zgodnie z podstawą programową 2018 przez nowy zespół autorów powołany przez ks. prof. dr hab. Piotra Tomasika.

W roku 2019 decyzją Ordynariusza Biskupa Piotra Libery do Wydawnictwa przyłączyła się, jako czwarty wspólnik, Diecezja Płocka. Na rok szkolny 2020/2021 oferta wydawnicza została powiększona o Edycję Płocką podręczników do nauczania religii dla kl. pierwszej i piątej szkoły podstawowej.

Na rok szkolny 2020/2021 Wydawnictwo Katechetyczne Sp. z o.o. wydało trzy pakiety edukacyjne do klasy pierwszej i piątej szkoły podstawowej oraz pierwszej liceum czteroletniego i technikum pięcioletniego, opracowane zgodnie z podstawą programową 2018. Pakiety te zawierają: podręcznik ucznia, poradnik metodyczny, domownik dla rodziców dzieci z klas pierwszych szkoły podstawowej.

Wszystkie podręczniki przygotowane zostały również w wersji cyfrowej i będą udostępniane poprzez specjalną aplikację przygotowaną na zamówienie Wydawnictwa.

Dystrybucję podręczników zapewniają czterej dystrybutorzy diecezjalni:

ARKA – Diecezjalny Ośrodek Duszpasterstwa Akademickiego, Centrum Duszpasterstwa Archidiecezji Warszawskiej Sp. z o.o., Warmińskie Wydawnictwo Diecezjalne i Płocki Instytut Wydawniczy.